(c) Marek Obitko, 1998, Bulgarian translation (c) Teodor Gig, 2001
Както може да се забележи от скицирането на генетичния алгоритъм, кръстосването и мутацията са най-важната част от генетичния алгоритъм. Изпълнението е повлияно основно тези две операции. Преди да се даде обяснение за кръстосването и мутацията, ще бъде дадена някаква информация за хромозимите.
Хромозомите трябва по някакъв начин да съдържат информация за решението което представляват. Най-използвания начин за кодиране е двоичният низ. Хромозомите тогава изглеждат по следния начин:
| Хромозома 1 | 1101100100110110 |
| Хромозома 2 | 1101111000011110 |
Всяка хромозома има един бинарен низ. Всеки бит в този низ може да представя някаква характеристика на решението. Или целия низ може да представя число - това бе използвано в основният GA аплет.
Разбира се, има много други начини за кодиране. Това зависи основно от проблема който се разрешава. Примерно, може да се кодира директно integer или real число, понякога е полезно да се кодира някакви пермутации, и т.н.
След като се реши какво кодиране ще се използва, може да се пристъпи към кръстосване. Кръстосването избира гени от родителските хромозоми и създава ново поколение. Най-простия начин по който може да се извърши това е да се избере случайна точка на кръстосване и всичко преди тази точка е копие от първия родите, а всичко останало след точката на кръстосване е копие на от втория родител.
Кръстосването тогава може да изглежда по следния начин ( | е точката на кръстосване):
| Хромозома 1 | 11011 | 00100110110 |
| Хромозома 2 | 11011 | 11000011110 |
| Поколение 1 | 11011 | 11000011110 |
| Поколение 2 | 11011 | 00100110110 |
Има и други начин по които да се извърши кръстосване, примерно може да се изберат повече точки на кръстосване. Кръстосването може да бъде доста усложнено и много зависи от кодирането на хромозомата. Конкретно кръстосване за конкретен проблем, може да подобри изпълнението на генетичния алгоритъм.
След като кръстосването бъде изпълнено идва време за мутацията. Това е за предпазване всички решения в популацията да не попаднат в локален оптимум на решавания проблем. Мутацията променя случайно новото поколение. За двоично кодиране може да се "преобърнат" няколко случайно избрани бита от 1 в 0 или от 0 в 1. Мутацията тогава може да бъде следната:
| Оригинално поколение 1 | 110 1 111000011110 |
| Оригинално поколение 2 | 110110 0 1001101 1 0 |
| Мутирало поколение 1 | 110 0 111000011110 |
| Мутирало поколение 2 | 110110 1 1001101 1 0 |
Мутацията зависи от кодирането толкова силно колкото и кръстосването. Примерно когато се кодират пермутации, мутацията може да бъде размяна на два гена.